Para los paquetes RPM (con extension .rpm) el comando que se usa es rpm (consulte el manual en linea).

Para instalar un programa (rpm) escribiriamos:

rpm -i foobar-1.0-1.i386.rpm

Para desinstalar un paquete:

rpm -e foobar

Uno de los más complejos pero más útiles comandos le permiten instalar paquetes a través de FTP. Si está conectado a la Red y quiere instalar un nuevo paquete, todo lo que necesita hacer es especificar el fichero con un URL válido, como esto:

rpm -i ftp://ftp.pht.com/pub/linux/redhat/rh-2.0-beta/RPMS/foobar-1.0-1.i386.rpm

Aunque estos son comandos simples, rpm puede usarse de multitud de formas, como podrá ver si consulta el manual en linea de linux.

En las distribuciones debian el control de los paquetes instalados en nuestro sistema suele hacerse mediante la orden dpkg.

Un paquete para Debian (archivo con postfijo .deb) es un archivo de ficheros creado con el programa ar [93] , que sigue diversas convenciones (por ejemplo contiene los datos del programa y datos para controlar instalación y desintalación comprimidos con gzip empleando nombres estándar). La herramienta dpkg-deb permite operar estos paquetes como archivos (no es recomendable instalar paquetes usando dpkg-deb).

Para instalar propiamente un paquete se emplea dpkg -i archivo .... El programa dpkg además de verificar dependencias, eliminar versiones previas del mismo paquete, extraer archivos, ejecutar los scripts de instalación y configurar el paquete, actualiza los archivos con información sobre paquetes instalados y disponibles: /var/lib/dpkg/status y /var/lib/dpkg/available (estos archivos son también llamados caches por apt-cache).

Los caches además del nombre, descripción, versión, arquitectura y espacio en disco de cada paquete incluyen información para organizar y controlar los paquetes: estado, estado de selección, sección, prioridad, paquetes de los que depende, paquetes que reemplaza, con los que entra en conflicto y los que recomienda. Los posibles estados de un paquete son: instalado, instalado a medias, no-instalado, desempaquetado (archivos ubicados pero no configurado), configurado a medias, archivos de configuración [94] (sólo los archivos de configuración estan). Los estados de selección (usados por dselect) son: instalar, desinstalar, limpiar (desinstalar incluso archivos de configuración). Las secciones posibles son main, contrib, non-US y non-free diferenciadas por los términos de las licencias y la posibilidad de redistribuirlos. Los paquetes en main cumplen con los lineamientos de Debian para decidir si un programa es libre o no [95] ---DFSG Debian Free Software Guidelines---, los paquetes en contrib cumplen con esos lineamientos pero requieren paquetes en non-free o non-US, los paquetes en non-free permiten libre redistribución pero no otros requerimientos de DFSG, los paquetes en non-US contienen material criptográfico que no puede exportarse de EUA (estos paquetes pueden ser usados en todo el mundo pero no pueden obtenerse de servidores en EUA). Las secciones se dividen en subsecciones: admin, base, comm, devel, doc, editors, games, graphics, interpreters, libs, mail, misc, net, science, shells, sound, tex, text, utils, web, x11, comm, devel. Las prioridades posibles son: required (mínimo para que el administrador inicie el sistema), important (aplicaciones mínimas encontradas en cualquier sistema Unix), standard (mínimo para tener un sistema en modo texto), optional (aplicación que no requiere ser instalada) y extra.